มหาวิทยาลัยแม่โจ้ เริ่มเปิดการเรียนการสอนระดับบัณฑิตศึกษาตั้งแต่ปีการศึกษา 2528 โดยเปิดสอนระดับปริญญาโท จำนวน 2 สาขาวิชา ได้แก่ สาขาวิชาส่งเสริมการเกษตร และสาขาวิชาเศรษฐศาสตร์สหกรณ์ โดยมีกลไกหลักดังนี้

          ในการประชุมสภามหาวิทยาลัย ครั้งที่ 7/2554 เมื่อวันที่ 16 ตุลาคม 2554 ได้มีมติให้ จัดตั้ง “บัณฑิตวิทยาลัย” ตามประกาศสภามหาวิทยาลัยแม่โจ้ เรื่อง การจัดตั้งส่วนงาน ภายใน (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2554 ลงวันที่ 19 ตุลาคม 2554 ประกาศจัดตั้ง “บัณฑิตวิทยาลัย” เป็นส่วนงานภายในที่มีฐานะเทียบเท่าคณะ บัณฑิตวิทยาลัย ทำหน้าที่ (ก) เป็นหน่วยงานสนับสนุนการเรียนการสอนระดับบัณฑิต ศึกษาของคณะต่างๆ ในสัดส่วนร้อยละ 70 และ (ข) ดำเนินงานจัดการเรียนการสอนสาย วิชาการที่สังกัดส่วนกลางของมหาวิทยาลัยในสาขาสหวิทยาการ อีกร้อยละ 30 สภามหาวิทยาลัยแม่โจ้ ในการประชุมครั้งที่ 3/2561 เมื่อวันที่ 25 มีนาคม 2561 ได้มีมติให้ปรับเปลี่ยนโครงสร้าง จาก “บัณฑิตวิทยาลัย” เป็น “ฝ่ายบัณฑิตศึกษา” ภายใต้สังกัด สำนักบริหารและพัฒนาวิชาการ โดยยังคงภารกิจหลักในเรื่อง การกำกับมาตรฐานระดับบัณฑิตศึกษาของมหาวิทยาลัย และประสานงานในการจัดการเรียนการสอนระดับบัณฑิตศึกษา